Выполняя функции центрального контрагента, НКЦ гарантирует исполнение обязательств по заключаемым с ним сделкам с ценными бумагами и с иностранной валютой перед каждым добросовестным участником клиринга, вне зависимости от исполнения своих обязательств перед НКЦ другими участниками клиринга. Таким образом, НКЦ избавляет участников клиринга от необходимости оценивать риски и устанавливать лимиты друг на друга (участники клиринга оценивают риски только на НКЦ как центрального контрагента). Надежному исполнению со стороны НКЦ таких обязательств способствует статус кредитной организации, позволяющий НКЦ привлекать ликвидность, необходимую для исполнения перед участниками клиринга своих обязательств, на межбанковском рынке, а также иметь доступ к инструментам рефинансирования Банка России. НКЦ осуществляет клиринг по сделкам, расчеты по которым осуществляются за счет участников клиринга, за счет клиентов участников клиринга и (на фондовом рынке) за счет средств, находящихся в доверительном управлении у участников клиринга. С 2009 года НКЦ является членом Европейской ассоциации клиринговых домов - центральных контрагентов (EACH), с 2011 года - членом Всемирной ассоциации центральных контрагентов - CCP12.